Биореактивы

Смесь ProbeMaster®️ UNI подходит как для проведения количественной ПЦР, так и для амплификации ДНК с последующей детекцией результатов методом электрофореза. Объем 5-кратной смеси 500 мкл рассчитан на проведение 100 реакций объемом 25 мкл. Готовая 5-кратная реакционная смесь содержит необходимые компоненты для проведения ПЦР, ее состав оптимизирован для получения идеальных результатов по процессивности и специфичности амплификации (содержит Hot-start полимеразу). В случае постановки реакции кПЦР, для детекции флуоресценции следует использовать ДНК-зонд, меченный флуорофором и тушителем (гидролизуемые зонды, "молекулярные маяки", праймеры типа "скорпион") или два зонда, меченных флуорофорами, образующими FRET-пару (вы можете заказать синтез зондов в Lumiprobe). Помимо ДНК-зондов, для детекции флуоресценции может использоваться интеркалирующий краситель dsGreen (dsGreen). Из-за отсутствия в составе UDG/dUTP смесь PCR/qPCR может использоваться для рутинных задач по клонированию и других задач, требующих дальнейшего использования продукта ПЦР после амплификации. Для постановки реакции смешайте в пробирке смесь PCR/qPCR, праймеры, ДНК, воду и зонд/краситель (в случае кПЦР). Формат ПЦР: стандартная ПЦР (с последующим анализом методом гель-электрофореза), количественная ПЦР (ПЦР-РВ) с применением интеркалирующих красителей типа dsGreen или гидролизуемых зондов Состав реакционной смеси: HS Taq ДНК-полимераза, смесь дезоксинуклеозидтрифосфатов, ПЦР-буфер (содержит Mg2+) Совместимость с оборудованием: совместим с амплификаторами любого типа Возможные приложения: кПЦР, стандартная ПЦР, ОТ-ПЦР, генотипирование, ПЦР для проверки колоний, получение продукта для ТА-клонирования и др.

Алкиновое производное красителя AF 488 для медь-катализируемой реакции циклоприсоединения к азидам (CuAAC). Используется для флуоресцентного мечения азидированных биомолекул, полимеров и поверхностей. AF 488 — сульфированный родамин, яркий, фотостабильный и гидрофильный флуорофор, излучающий в зеленом канале (максимум поглощения — 495 нм, максимум эмиссии — 519 нм).

Лаурдан (6-додеканоил-2-диметиламинонафталин) — проникающий в мембраны флуоресцентный индикатор, высокочувствительный к физическому состоянию окружающих его фосфолипидов. Лаурдан состоит из цепочки лауриновой кислоты, связанной с молекулой нафталина. Гидрофобный хвост жирной кислоты внедряет молекулу индикатора в липидный бислой мембраны. Нафталиновая часть молекулы локализуется на уровне глицериновых остовов мембранных фосфолипидов. Химическая структура и мембранное расположение Лаурдана делают его чувствительным к присутствию и подвижности молекул воды в липидном бислое. Количественное определение генерализованной поляризации Лаурдана можно использовать для идентификации фосфолипидной фазы. При возбуждении длиной волны 340 нм значения генерализованной поляризации составляют 0,6 для гелевой фазы и −0,2 для жидкокристаллической фазы. Генерализованная поляризация Лаурдана не зависит от полярной головной группы и pH в диапазоне от 4 до 10. Лаурдан подходит для визуализации мембран методами генерализованной поляризации и сканирующей флуоресцентной корреляционной спектроскопии. Его также можно использовать для визуализации липидных рафтов (липидных микродоменов) в живых и фиксированных клетках и целых тканях с помощью мультифотонной микроскопии. Максимумы эмиссии Лаурдана составляют 440 нм и 490 нм в гелевых и жидкокристаллических мембранах, соответственно. Чтобы приготовить концентрированный стоковый раствор Лаурдана с концентрацией до 20 мМ, растворите его либо в ДМФ, либо в ацетонитриле.

Тетраацетилированный N-(4-пентиноил)маннозамин (Ac4ManNAl) — меченый алкином моносахарид, который используется в качестве инструмента для исследования гликопротеинов путем метаболического мечения in vivo и последующего хемоселективного лигирования. Ac4ManNAl — проникающий внутрь клеток искусственный сахар, который метаболизируется и встраивается в клетку вместо своего природного моносахаридного аналога — N-ацетилманнозамина (ManNAc). Образующиеся при этом алкинсодержащие гликопротеины могут быть обнаружены с помощью медь-катализируемой (CuAAC) клик-реакции с флуоресцентно-мечеными азидами или биотин-азидом.

Биотин-ПЭГ2-амин — бифункциональная молекула на основе диэтиленгликоля (ПЭГ2), содержащая биотин и первичную аминогруппу. Реагент позволяет метить различные биомолекулы (такие как ДНК, олигонуклеотиды и белки) биотином за счет реакции амино-группы с NHS-эфирами или карбоновыми кислотами в присутствии EDC или HATU. Биотин-меченые соединения могут быть затем связаны с авидином или стрептавидином для дальнейшей их очистки или детекции. Короткий ПЭГ2-линкер отделяет остаток биотина от молекулы-мишени, обеспечивая эффективное его связывание с авидином или стрептавидином. Линкер также повышает растворимость соединения в воде, облегчая тем самым биоконъюгацию.

Набор для двумерного разностного электрофореза 3Dye предназначен для точного сравнения экспрессии белков в двух или трех образцах лизатов. Благодаря отличному совпадению подвижности меченых белков на гель-электрофорезе и яркой флуоресценции красителей набор обеспечивают высокую эффективность детекции минорных белков и высокое разрешение. Гель 2D DIGE, содержащий белки, меченые Cyanine2, Cyanine3, и Cyanine5 Набор совместим со всеми сканерами, поддерживающими детекцию красителей Cy2®, Cy3® и Cy5®. После проведения сканирования гели могут быть также исследованы масс-спектрометрически. Каждый набор содержит реакционноспособные красители Cyanine2, Cyanine3 и Cyanine5, а также диметилформамид. Cyanine2 может быть использован в качестве внутреннего стандарта для мечения смеси образцов. Реакционноспособные красители поставляются в лиофилизированном виде, что позволяет увеличить срок хранения набора. Каждая пробирка с красителем содержит одинаковое количество реагента (различие в количестве в пределах 10%). Разбавление красителя диметилформамидом из набора перед использованием гарантирует одинаковую эффективность мечения каждым из красителей на протяжении всего срока использования продукта.

Краситель Сyanine3.5, содержащий неактивированную карбоксильную группу. Может быть использован как референсный нереакционноспособный краситель, а также в качестве отрицательного контроля. Cyanine3.5 является аналогом флуорофора Cy3.5®.

Буферы 10X Tersus Plus предназначен для работы со смесью полимераз Tersus. Концентрация ионов магния в 10X Tersus Plus буфере составляет 25 мM. При использовании в рекомендованных разведениях каждый буфер обеспечивает 2,5 мM концентрацию ионов магния в ПЦР реакции. 10Х Tersus Plus буфер подходит для большинства приложений, может быть использован для проведения ПЦР в режиме реального времени с интеркалирующим красителем SYBR Green I, Eva Green. Рекомендуется для работы со сложными для амплификации фрагментами, например, с фрагментами, богатыми GC участками (>65 % GC). При этом следует внести следующие изменения в стандартную программу ПЦР: • увеличить продолжительность предварительной денатурации до 2 мин; • увеличить количество циклов ПЦР на 2–7.

BDPep FL представляет собой яркий и фотостабильный флуорофор серии BDP для флуоресцеинового (FAM) канала. BDPep FL является особенной модификацией красителя BDP FL, обладающей высокой устойчивостью к кислотам, и сохраняющей при этом спектральные характеристики своего предшественника. Главное преимущество BDPep FL — его совместимость с ТФУ и добавками, часто используемыми для снятия защитных групп в ходе твердофазного синтеза (SPPS). BDPep FL может быть использован для мечения пептидов во время их синтеза, поскольку не подвергается декомпозиции до соответствующего дипиррина в кислой среде на стадии деблокирования.

Набор предназначен для определения концентрации одноцепочечной ДНК на флуориметре. С помощью данного набора может быть измерена концентрация как длинной одноцепочечной ДНК, так и коротких олигонуклеотидов. Набор содержит концентрированный раствор флуоресцентного красителя QuDye ssDNA Reagent, буфер для разведения и стандарты концентрации одноцепочечной ДНК (0 и 20 нг/мкл). Для определения концентрации исследуемого образца необходимо развести концентрат красителя в буфере, добавить исследуемый образец (объем образца может варьироваться в диапазоне 1-20 мкл) и провести измерение интенсивности флуоресценции на флуориметре. Диапазон измеряемых концентраций ДНК составляет 50 пг/мкл–200 нг/мкл для исходного образца (конечное содержание ДНК в пробирке после разбавления образца в рабочем растворе красителя 1–200 нг). Краситель QuDye ssDNA также связывается с двухцепочечной ДНК и РНК, поэтому следует исключить их присутствие в образце с одноцепочечной ДНК. Свободные нуклеотиды, а также другие примеси в незначительном количестве, такие как соли, детергенты, растворители, белки не оказывают существенного влияния на результаты измерений. Краситель QuDye ssDNA обладает широким линейным диапазоном зависимости уровня сигнала от концентрации одноцепочечной ДНК. Этот факт в сочетании с небольшим объемом исследуемого образца, необходимого для измерения (1-20 мкл), делает данный набор быстрым и удобным инструментом для количественного определения одноцепочечной ДНК.

Родамин 6G (R6G) - ксантеновый краситель родаминового ряда, в течение длительного времени использующийся для мечения олигонуклеотидов. Как и другие ксантеновые красители, R6G доступен в виде двух изомеров, 5- и 6-. Несмотря на то, что их спектры поглощения и эмиссии практически неразличимы, изомеры все же следует разделять для того, чтобы меченые молекулы не разделялись при очистке методами хроматографии и электрофореза. Активированный эфир 5-R6G - производное для мечения аминогрупп биомолекул, полученное из чистого 5-изомера карбокси-R6G. Родамин 6G - очень яркий краситель. Его используют в качестве стандарта квантового выхода (0.95 в этаноле). Этот флуорофор растворим в органических растворителях, таких как ДМФА и ДМСО. Их следует спользовать в качестве сорастворителей в реакциях мечения.

Набор для синтеза меченых олигонуклеотидов путем пост-синтетического введения модификации с помощью реакции медь-катализируемого алкин-азидного циклоприсоединения (CuAAc). Эта технология введения метки альтернативна мечению с помощью активированных эфиров, и имеет ряд преимуществ - высокий выход, низкий расход флуорофора, легкость очистки, возможность мечения большого количества олигонуклеотида в малом объеме реакционной смеси. Одного набора достаточно для синтеза порядка 1000 о.е. олигонуклеотида средней длиной 25 оснований. Набор содержит краситель Cyanine5.5 - флуорофор для дальней красной области и канала Cy5.5, имеющегося во многих приборах ПЦР реального времени и некоторых устройствах для капиллярного электрофореза. В набор входит алкиновый фосфорамидит для автоматического твердофазного синтеза, азидопроизводное красителя, каталитический буфер для Click chemistry, аскорбиновая кислота для восстановления.