Биореактивы

Азид-ПЭГ6-NHS-эфир — бифункциональный линкер, содержащий азидогруппу, NHS-группу, и ПЭГ6 (гексаэтиленгликоль) в качестве спейсера. ПЭГ увеличивает растворимость соединения в водной среде. Азидная группа легко реагирует с терминальными алкинами, BCN и DBCO посредством медь-катализируемой и безмедной клик-реакций. Остаток N-гидроксисукцинимида (NHS) используется для связывания с первичными аминами белков, пептидов, модифицированных амином олигонуклеотидов и другими молекулами, содержащими амины.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: AATT ↑AATT TTAA TTAA↓ Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Sse9 I из Sporosarcina species 9 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг pBR322 ДНК за 1 час при 55°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: pBR322 ДНК Оптимальный буфер: SE-буфер B Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 100 75 50 50 75 75 Условия хранения: 10 mM Tis-HCl (pH 7.5); 50 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 1 mM DTT; 200 μg/ml BSA; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента более 95% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 5 ед фермента в течение 16 часов при 55°С. Чувствительность к метилированию: Блокируется метилированием: 5`-A(m6A)TT-3`/ 3`-TT(m6A)A-5`. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер B, BSA. Для фасовок Turbo прикладывается 10 X SE-буфер ROSE. Примечание: При 37°С активность ~75% от максимальной. Для достижения 100% активности BSA следует добавлять в реакционную смесь до концентрации 100 мкг/мл. BSA при длительной инкубации использовать не рекомендуется.

TAMRA (тетраметилродамин) - это хорошо известный флуорофор с длинной историей использования в мечении биомолекул. TAMRA может применяться как FRET-акцептор для FAM (флуоресцеин). TAMRA амин (TMR амин) это производное с первичной аминогруппой, которую можно вводить в конъюгацию с различными электрофильными агентами, в частности, активированными эфирами, эпоксидами, а также использовать в реакциях восстановительного аминирования, в ферментативном трансаминировании.

Флуоресцеин (чистый 5-изомер) в виде производного тетразина (метилтетразина). Тетразины - реакционноспособные гетеродиеновые компоненты для реакции [4+2] циклоприсоединения с обращенными электронными требованиями. Второй компонент реакции - напряженные циклоалкены (транс-циклооктены и циклопропены). Эта реакция также называется ТЦО (транс-циклооктеновым) лигированием. Эта реакция - одна из наиболее быстрых реакций биоконъюгации.

Перилен представляет собой яркий и фотостабильный флуорофор с квантовым выходом, близким к количественному. Из-за малого времени жизни флуоресценции этот зонд не образует эксимеров. С помощью данного фосфорамидита перилен возможно ввести в ДНК путем автоматического олигонуклеотидного синтеза. Перилен присоединен к 5’-положению дезоксиуридина (dU) тройной связью. Этот амидит не требует особых условий для конденсации или деблокирования. Рекомендуемый растворитель — ацетонитрил.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GCTCTTCN GCTCTTCN↑ CGAGAAG(N)4 CGAGAAG(N)4↓ Источник: Planococcus citreus S Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер B Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 100 50 75 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM KCl; 0,1 mM EDTA; 200 ug/ml BSA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 3-кратным избытком фермента около 90% фрагментов ДНК сшиваются Т4 ДНК-лигазой и около 95% из них могут быть повторно расщеплены Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 0.5 ед фермента в течение 16 часов при 37°С Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер B.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: TCGCGA TCG↑CGA AGCGCT AGC↓GCT Источник: Nocardia rubra Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда (dam-) за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда (dam-) Оптимальный буфер: SE-буфер W Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 10 75 100 10 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 250 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента около 50% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и 90% из них могут быть повторно расщеплены. Сшивка более эффективна в присутствии 10% ПЭГ Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 20 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: Блокируется при перекрывании dam-метилированием (GmATC): TCGCGATC. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер W.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GAGCTC GAGCT↑C CTCGAG C↓TCGAG Источник: Pseudomonas species 124B Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда (HindIII-digest) за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда (HindIII-digest) Оптимальный буфер: SE-буфер G Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 100 10 75 30 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 250 mM NaCl; 0,1 mM EDTA; 100 ug/ml BSA; 7 mM2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 20-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 40 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер G.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GTCGAC G↑TCGAC CAGCTG CAGCT↓G Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Sal I из Streptomyces albus Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда (HindIII-digest) за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда (HindIII-digest) Оптимальный буфер: SE-буфер O Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 10 100 25 5 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM NaCl; 0,1 mM EDTA; 1 mM DTT; 200 μg/ml BSA; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 10-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК pUC19 сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 20 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер O. Примечание: Большой избыток фермента приводит к появлению звездчатой активности.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GGWCC G↑GWCC CCWGG CCWG↓G Источник: Bacillus megaterium 18 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер O Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 10 25 100 75 10 80 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 100 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 100 ug/ml BSA; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 10-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 20 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: При перекрывании dcm-метилированием гидролиз затруднен: GGWCCWGG С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер O. Для фасовок Turbo прикладывается 10 X SE-буфер ROSE.

Пирен гидразид - реакционноспособный краситель для присоединения остатка пирена (флуоресцентного полициклического ароматического углеводорода) по карбонильным группам альдегидов и кетонов. Пирен - флуорофор синей области, используемый в качестве "молекулярной линейки". Когда два остатка пирена сближены друг с другом в пространстве, в спектре флуоресценции появляется эксимерный максимум. Пирен может служить донором FRET для других флуорофоров. Время жизни возбужденного состояния пирена очень велико (более 100 нс), благодаря чему его сигнал можно отделить от фона во времяразрешенных экспериментах.