Биореактивы

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GACNNNNNGTC GACNNN↑NNGTC CTGNNNNNCAG CTGNN↓NNNCAG Источник: Deinococcus radiodurans EA Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 75 10 10 100 40 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 250 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента около 5% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой. Сшивка лучше в присутствии 10% ПЭГ. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 20 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y. Для фасовок Turbo прикладывается 10 X SE-буфер ROSE.

BDP TR является ярким и фотостабильным красителем с максимум флуоресценции в красной области спектра. Данный краситель похож по спектральным характеристикам на ROX. BDP TR обладает долгим временем жизни в возбужденном состоянии и может быть использован помимо классической флуоресцентной микроскопии в различных исследованиях на основе анизотропии флуоресценции. Дибензоциклооктин (ДБЦО), являясь альтернативой алкинам, легко реагирует с азидами в реакциях безмедной клик-химии (SPAAC), приводя к получению конъюгатов биомолекул с BDP TR.

Биотин-ПЭГ4-йодид представляет собой высокореактивный реагент для биотинилирования. Йодид участвует в реакциях нуклеофильного замещения и может быстро и эффективно взаимодействовать с различными C-, N-, O- и S-нуклеофилами. Биотин-меченые соединения могут быть затем связаны с авидином или стрептавидином для дальнейшей их очистки или детекции. Данный реагент содержит длинный ПЭГ4-линкер, который отделяет остаток биотина от молекулы-мишени, обеспечивая эффективное его связывание с авидином или стрептавидином. Линкер также повышает растворимость соединения в воде, облегчая тем самым биоконъюгацию.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GCCGGC G↑CCGGC CGGCCG CGGCC↓G Источник: Micrococcus roseus N0 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК аденовируса-2 за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК аденовируса-2 Оптимальный буфер: SE-буфер B Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 100 50 10 10 5 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 250 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 200 ug/ml BSA; 7 mM2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК Ad-2 сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 10 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер B.

JOE - флуоресцентный краситель с эмиссией в желтой области спектра. Он соответствует каналу HEX, другого хлорированного флуоресцеина. Олигонуклеотиды, меченые JOE, часто используется в ПЦР реального времени; получение таких олигонуклеотидов может быть выполнено с помощью клик-реакции. Это производное - азид JOE для клик-химии, чистый 5-изомер.

R6G (родамин 6G) - ксантеновый краситель, обладающий эмиссией в желтой области. Ранее он использовался для секвенирования; сейчас он находит широкое применение в ПЦР реального времени. Это чистый 5-изомер R6G, содержащий в структуре азидогруппу.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: CATG ↑CATG GTAC GTAC↓ Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Fat I из Flavobacterium aquatile NL3 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг pUC19 ДНК за 1 час при 55°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: pUC19 ДНК Оптимальный буфер: SE-буфер G Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 10 100 25 10 50 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM KCl; 0,1 mM EDTA; 200 ug/ml BSA; 1 mM DTT; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 2-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 3 ед фермента в течение 16 часов при 55°С Чувствительность к метилированию: Блокируется метилированием mCATG С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер G.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GCGATCGC GCGAT↑CGC CGCTAGCG CGC↓TAGCG Источник: Rhizoblum galegae Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК Аденовируса-2 за 1 час при 55°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК Аденовируса-2 Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 50 10 25 100 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 250 mM NaCl;0.1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента более 90% фрагментов Ad2 ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 5 ед фермента в течение 16 часов при 55°С. Чувствительность к метилированию: Не блокируется dam-метилированием при перекрывании (GmATC): GCGATCGC Блокируется CG метилированием. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y.

VIC — несимметричный ксантеновый краситель (два боковых кольца содержат различные заместители). Этот краситель используется для мечения зондов ПЦР реального времени. По спектральным свойствам VIC похож на HEX и JOE. Этот фосфорамидитный реагент позволяет вводить метку по 5’-положению олигонуклеотида.

MD ДНК эндонуклеаза Pcs I. Метилзависимая ДНК эндонуклеаза отличается от эндонуклеаз рестрикции тем, что режет ДНК исключительно при наличии метильных групп в сайте узнавании. При отсутствии метилирования гидролиз отсутствует. Сайт узнавания и позиция гидролиза: (5mC)GNNNNNNN(5mC)G (5mC)GNNNNN↑NN(5mC)G G(5mC)NNNNNNNG(5mC) G(5mC)NN↓NNNNNG(5mC) Источник: Из штамма E.coli, несущего клонированный ген PcsI I из Paracoccus carotinifaciens 3K. Определение единицы активности: За одну единицу активности принимается количество фермента, необходимое для полного гидролиза 1 мкг ДНК плазмиды pMHpySE49/DriI за 1 час при 37°C в 50 мкл реакционной смеси. При этом происходит исчезновение исходной линейной формы плазмиды pMHpySE49/DriI и образование двух фрагментов ДНК. Субстрат для определения активности: Плазмидная ДНК pMHpySE49, линеаризованная DriI (pMHpySE49/DriI). pMHpySE49 (3536 п.н.) получена путем лигирования вектора pMTL22/FauNDI/SmaI и ПЦР-фрагмента, содержащего ген метилазы M.HpySE526I (образует 5′-A(5mC)GT-3′) и последовательность ДНК 5′-GACGTATAAAACGTT-3′ 3′-CTGCATATTTTGCAA-5′ В результате, данный субстрат имеет оптимальный сайт PcsI: 5′-A(5mC)GNNNNNNN(5mC)GT-3′ 3′-TG(5mC)NNNNNNNG(5mC)A-5′ Оптимальный буфер: SE-буфер PcsI Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 50-75 50-75 0 10-25 50-75 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5), 200 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 7 mM 2-меркаптоэтанол, 100 μg/ml BSA, 50% глицерин. Хранить при -20°С.Лигирование: Неспецифический гидролиз: Неспецифического гидролиза не наблюдается при обработке 1 мкг ДНК фага лямбда 10 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. После инкубации 5 ед фермента в течение 3 часов неспецифического гидролиза одно- и двуцепочечного олигонуклеотидов не наблюдается. Чувствительность к метилированию: Фермент расщепляет только С5-метилированную ДНК. Не расщепляет немодифицированную ДНК. Активность фермента зависит от нуклеотидов, фланкирующих сайт узнавания, и количества метилированных цитозинов. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер PcsI.

MD ДНК эндонуклеаза Mte I. Метилзависимая ДНК эндонуклеаза отличается от эндонуклеаз рестрикции тем, что режет ДНК исключительно при наличии метильных групп в сайте узнавании. При отсутствии метилирования гидролиз отсутствует. Сайт узнавания и позиция гидролиза: G(5mC)G(5mC)NG(5mC)G(5mC) G(5mC)G(5mC)↑NG(5mC)G(5mC) (5mC)G(5mC)GN(5mC)G(5mC)G (5mC)G(5mC)GN↓(5mC)G(5mC)G Источник: Из штамма E.coli, несущего клонированный ген Mte I из Microbacterium testaceum 17B Определение единицы активности: За одну единицу активности принимается количество фермента, необходимое для полного гидролиза 1 мкг ДНК плазмиды pHspAI10/DriI дополнительно метилированной M.Fsp4HI за 1 час при 55°С в 50 мкл реакционной смеси Определение активности MteI В каждом случае проводилась инкубация фермента с 1 мкг ДНК pHspAI10/DriI/metM.Fsp4HI в 50 мкл реакционной смеси (см. Единица активности). После инкубации аликвота реакционной смеси 15 мкл наносилась на гель. Субстрат для определения активности: Субстрат pHspAI10/DriI/metM.Fsp4HI представляет собой ДНК плазмиды pHspAI10, линеаризованной эндонуклеазой рестрикции DriI и метилированной ДНК-метилтрансферазой Fsp4HI. Плазмида pHspAI10 содержит ген ДНК-метилтрасферазы M.HspAI, которая модифицирует сайт узнавания 5`-GCGC-3` с образованием 5`-G(5mC)GC-3`/3`-CG(5mC)G-5`. Кроме того, данная плазмида дополнительно метилирована ДНК-метилтрасферазой М.Fsp4HI, которая модифицирует сайт 5`-GCNGC-3` с образованием 5`-G(5mC)NGC-3`/3`-CGN(5mC)G-5`. В результате в используемом субстрате имеется один канонический сайт узнавания МteI: 5`-G(5mC)G(5mC)NG(5mC)G(5mC)-3`/3`-(5mC)G(5mC)GN(5mC)G(5mC)G-5`. МteI может также расщеплять сайт узнавания, включающий шесть 5-метилцитозинов [1], однако активность фермента в этом случае меньше более чем на порядок. Оптимальный буфер: SE-буфер W Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 25 75 75 100 50 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 200 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 200мкг/мл BSA, 50% глицерин. Хранить при -20°С. Лигирование: Неспецифический гидролиз: Не наблюдается неспецифического гидролиза при инкубации 40 ед фермента Mte I с 1 мкг ДНК фага лямбда в течение 16 часов при 55°С в 50 мкл реакционной смеси. Чувствительность к метилированию: Фермент расщепляет только С5-метилированную ДНК. С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер W, pHspAI10/DriI дополнительно метилированная M.Fsp4HI .

Источник: Выделена из рекомбинантного штамма E.coli экспрессирующего ген ДНК-полимеразы из Thermus aquaticus YT1 Описание: Hot Start Taq ДНК-полимераза является сложной смесью термостабильной Taq ДНК-полимеразы молекулярной массой 94 kDa и специфических моноклональных антител из мыши. Hot Start Taq неактивна в условиях приготовления реакции амплификации. Это позволяет исключать такие артефакты амплификации как образование димеров праймеров и ошибочное праймирование на протяжении стадии преамплификации и таким образом может улучшать специфичность по сравнению со стандартными ДНК полимеразами. Преимуществом Hot Start Taq является отсутствие дополнительного нагрева для активации полимеразы. Тепловая активация фермента происходит в течение первой денатурации. Неактивный комплекс Hot Start Taq диссоциирует автоматически при повышении температуры выше + 70 °C, приводя к активации ДНК-полимеразы. Катализирует матричный синтез ДНК путем переноса нуклеотида от dNTP на 3`конец ДНК. Применение: Высокоспецифичная PCR Мультиплексная PCR (особенно рекомендуется) Высокочувствительные применения Определение единицы активности: За одну единицу активности принимается количество фермента требуемое для включения 10 нмолей dNTP в кислотонерастворимую фракцию за 30 минут при 74 °C Оптимальный буфер: SE-буфер ДНК полимераза Hot Start Taq Условия хранения: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0); 100 mM KCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 50 % глицерин; 0.5 % Nonidet P-40, 0.5 % Tween-20. Хранить при -20°С. С ферментом поставляется: 10 x SE-буфер Hot Start Taq ДНК полимераза, MgCl2.