Биореактивы

Алкин-ПЭГ4-Амин - это бифункциональный олигоэтинильный линкер, содержащий как аминную группу, легко реагирующую с различными электрофильными агентами (NHS-эфиры, эпоксиды), так и алкинильную группу для реакций клик-химии. Это позволяет легко конъюгировать различные биомолекулы. Достаточно протяженный и высоко гидрофильный ПЭГ4 обеспечивает эффективную конъюгацию и возможность выделения продукта в водных условиях.

Источник: Выделена из штамма E.coli, несущего клонированный ген ДНК Лигазы из фага Т4 Описание: Катализирует образование фосфодиэфирной связи между 5`-фосфатной и 3`-гидроксильными концевыми группами ДНК (РНК). Определение единицы активности: За одну единицу активности Т4 ДНК лигазы принимали количество фермента, необходимое для 50% сшивки HindIII-фрагментов ДНК фага лямбда за 30 мин при 16°С в 20 мкл реакционной смеси при концентрации ДНК 300 mkg/ml. Оптимальный буфер: SE-буфер ДНК лигаза T4 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM NaCl; 0,1 mM EDTA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин. Хранить при -20°C. Примечание: В буфере для Т4 ДНК лигазы допускается выпадение осадка. В этом случае необходимо перед использованием нагреть буфер до 37°С и встряхнуть его несколько раз до исчезновения осадка.Кроме того, стоит избегать многократного замораживания/оттаивания буфера.Поэтому после первой разморозки рекомендуется расфасовать буфер небольшими объемами в отдельные пробирки, хранить при -20°C, и не размораживать аликвоты более 2-3 раз. Допускается хранение размороженного буфера при +4 °С в течение 7 дней. см. новый Набор для быстрой сшивки ДНК.

Реагенты серии GenJect™ (GenJector-U, GenJect-39 и GenJect-40) являются оригинальной разработкой “Молекта” и эффективны для трансфекции плазмидной ДНК (включая CRISPR плазмиды), а также линейных коротких и длинноцепочечных молекул ДНК и РНК (siRNA, mRNA) в присутствии сыворотки крови в широкий спектр эукариотических клеточных линий, включая суспензионные и адгезионные HeLa, HEK293T, CHO-K1, SH-SY5Y, Neuro2A и др., стволовые клетки и первичные клеточные культуры

Cyanine3B — цианиновый краситель с желтой эмиссией, являющийся улучшенной версией флуорофора Cyanine3, обладающий значительно более высокими квантовым выходом флуоресценции и фотостабильностью. Cyanine3B карбоновая кислота — это форма Cyanine3B, которую можно использовать в качестве референсного стандарта в экспериментах, где используются конъюгаты данного флуорофора. Cyanine3B карбоновую кислоту также можно использовать для синтеза активированных сложных эфиров, или модифицировать гидразинами, гидроксиламинами и аминами для последующей конъюгации с биомолекулами.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: CCGG C↑CGG GGCC GGC↓C Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген HpaII из Haemophilus parainfluenzae Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер B Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 100 50 10 25 50 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM NaCl; 0,1 mM EDTA; 1 mM DTT; 100 μg/ml BSA; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 10-кратным избытком фермента более 95% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 10 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: Блокируется CG метилированием С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер B. Для фасовок Turbo прикладывается 10 X SE-буфер ROSE.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: RGATCY R↑GATCY YCTAGR YCTAG↓R Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген BstX2I из Bacillus stearothermophilus X2 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 60°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер G Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 100 10 25 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.6); 100 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 1 mM DTT; 200 μg/ml BSA; 50% глицерин. Хранить при -20°C. Лигирование: После гидролиза 10-кратным избытком фермента 95% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 5 ед фермента в течение 16 часов при 60°C. Чувствительность к метилированию: Не блокируется dam-метилированием при перекрывании (GmATC): RGATCYС ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер G.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: GACNNNGTC GACN↑NNGTC CTGNNNCAG CTGNN↓NCAG Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Tth111 I из Thermus Thermophilus 111 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда (HindIII-digest) за 1 час при 65°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда (HindIII-digest) Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 50 10 10 100 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 500 mM NaCl; 0,1 mM EDTA; 1 mM DTT; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 2-кратным избытком фермента 10% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 5 ед фермента в течение 16 часов при 65°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y. Примечание: Большой избыток фермента приводит к появлению звездчатой активности.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: CCCGC(N)4 CCCGC(N)4↑ GGGCG(N)6 GGGCG(N)6↓ Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Fau I из Flavobacterium aquatili Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 55°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер B Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 100 25 50 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 50 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 1 mM DTT; 200 μg/ml BSA; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 2-кратным избытком фермента более 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и 95% из них могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 2 ед фермента в течение 16 часов при 55°С Чувствительность к метилированию: Блокируется CG метилированием С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер B.

Amino-11-CTP - цитидинтрифосфат (CTP) с аминогруппой для синтеза РНК при участии полимеразы. Химическая модификация РНК может осуществляться в ходе полимеризации рибонуклеозидтрифосфатов под действием ферментов. Модификация в 5-положении пиримидинов не препятствует узнаванию полимеразами. Продукт Amino-11-CTP содержит нуклеозид-5'-трифосфат с основанием, модифицированным аминогруппой через удлинённый линкер. Модифицированные нуклеотиды с аминогруппой могут использоваться для дальнейшей модификации РНК в реакциях с амино-реактивными NHS-эфирами флуоресцентных красителей в аналитических целях или NHS-эфирами гаптенов для последующей иммобилизации.

Термолабильная щелочная фосфатаза удаляет фосфаты с 5`- и 3`-концов ДНК, РНК и ДНТФ. Может быть использована вместо антарктической фосфатазы Источник: Выделена из штамма E.coli несущего клонированный ген щелочной фосфатазы из Alteromonas undina P2 Описание: Термолабильная щелочная фосфатаза (англ. TAP) катализирует дефосфорилирование 5`- и 3`-концов ДНК и РНК. Также гидролизует рибо- и дезоксирибонуклеозидтрифосфаты. Определение единицы активности: За единицу активности принимали количество фермента, необходимое для гидролиза 1 μмоля пара-нитрофенилфосфат (PNPP) в 0,5 мл реакционной смеси за 15 мин при 16°C. Реакционная смесь содержала 1Х SE-буфер W, 10 mM пара-нитрофенилфосфат. Оптимальный буфер: SE-буфер W Условия хранения: 20 mM Tris-HCl (pH 7.6 при 25°:C); 0.1 mM ZnCl2; 50% глицерин. Хранить при -20°С. Примечание: Термолабильную щелочную фосфатазу не рекомендуется разбавлять ввиду возможной потери активности. Функциональный тест: В результате обработки 1 мкг ДНК плазмиды pUC19/HindIII в 20 мкл реакционной смеси, содержащей 1Х SE -буфер W и 1 мкл препарата фермента, в течение 30 мин при 16°C и последующей сшивки с помощью Т4 ДНК лигазы и трансформации клеток E.coli,получали >10-кратное уменьшение числа выросших колоний по сравнению с использованием необработанной ДНК pUC19/Hind III. Протокол дефосфорилирования 5′-концов ДНК с помощью ТАР после гидролиза эндонуклеазой рестрикции (ЭР): На 20 мкл реакционной смеси: 10Х SE буфер ЭР (или буфер “W”) – 2 мкл, ДНК – 0,5-1мкг, деионизованная вода – до 20 мкл. Добавить 1 мкл эндонуклеазы рестрикции, перемешать пипетированием. Инкубировать в течении 0,5-1 часа при оптимальной температуре. Охладить реакционную смесь во льду в течение 1-2 мин!!! Добавить 1 мкл (5 ед.) щелочной фосфатазы (Е365/Е366), перемешать пипетированием. Инкубировать в течение 0,5-1 часа при 16°C(при 25°C активность фермента составляет 75-100%). Прогреть реакционную смесь при 65°C в течение 20 мин. Можно использовать обработанную ДНК для дальнейших экспериментов. Если требуется, очистить ДНК гель-фильтрацией, на спин-колонках или высадить 96%-ным этанолом.

Алкин-ПЭГ4-активированный эфир — бифункциональная молекула, содержащая терминальную алкиновую группу и фрагмент активированного NHS-эфира. Активированные эфиры используются для мечения аминогрупп, например, лизина и концевой NH2-группы в белках и пептидах. Терминальная алкиновая группа вступает в реакцию медь-катализируемого циклоприсоединения с азидами (CuAAC) и реакцию Соногаширы. ПЭГ4 — гидрофильный линкер, обеспечивающий хорошее пространственное разделение компонентов конъюгата.

Белок G стрептококковый (S Pgg): при физиологических условиях специфически связывает иммуноглобулины класса G (IgG, Fc-фрагменты). 95% белка связывается с иммобилизованными IgG человека. Иммуноглобулины связываются лучше в слабокислых растворах. Лучшее связывание моноклональных IgG требует подбора условий