Биореактивы

5-Винилуридин (VU) представляет собой производное уридина с концевой алкеновой группой, использующееся для исследования и мониторинга транскрипции РНК в клетках вместо 5-этинилуридина (EU). Винилуридин легко поглощается живыми клетками и включается РНК-полимеразами вместо эндогенного уридина в новосинтезированные молекулы РНК, но не в ДНК [1]. Синтезированная de novo РНК, меченная винилуридином, может быть затем обнаружена с помощью быстрой и высокочувствительной реакции циклоприсоединения с обращенными электронными требованиями Дильса-Альдера (IEDDA) между винильной группой и флуоресцентно- или биотин-меченым тетразином. Меченую РНК можно детектировать затем с помощью различных методов оценки уровня клеточной транскрипции, например, методами флуоресцентной микроскопии или проточной цитометрии.

AF 488 – флуоресцентный краситель. AF 488 является нечувствительным к pH среды флуорофором в диапазоне от 4 до 10. AF 488 имеет максимум поглощения при 495 нм, эмиссии – при 519 нм, что соответствует зеленой области спектра. Краситель гидрофилен и применяется для введения флуоресцентной метки в различные молекулы, в том числе белки и антитела. Конъюгаты молекул с AF 488 широко используются в проточной цитометрии и микроскопии, обладая высокой яркостью и фотостабильностью. Это позволяет детектировать биологические объекты с высокой чувствительностью при более длительных периодах съемки. Азид AF 488 взаимодействует с алкинильными производными биомолекул в реакциях Click Chemistry, как в присутствии медного (I) катализатора – с терминальными алкинами, так и без катализатора – с циклооктинами, приводя к образованию устойчивых аддуктов.

sulfo-Cyanine3.5 — краситель с флуоресценцией в оранжевой области спектра (максимум поглощения на 576 нм, максимум испускания на 603 нм). Спектры поглощения и испускания данного флуорофора находятся между спектрами красителей Cyanine3 и Cyanine5. По этой причине sulfo-Cyanine3.5 часто используется в качестве FRET-донора в паре с Cyanine5 и качестве FRET-акцептора в паре с Cyanine3, а также в экспериментах BRET. sulfo-Cyanine3.5 — сульфированное производное с 4 сульфогруппами в составе красителя, что обеспечивает высокую гидрофильность реагента и позволяет проводить все реакции с ним в водных растворах, без добавления органических растворителей. Данный реагент — алкиновое производное красителя sulfo-Cyanine3.5 для медь-катализируемой клик-реакции. Терминальная алкинильная (ацетиленовая) группа позволяет конъюгировать флуорофор с молекулами, содержащими азидную группу, посредством реакции 3+2-диполярного циклоприсоединения в присутствии катализатора на основе меди(I).

Производное бордипиррометенового (BDP) флуорофора, обладающий яркой флуоресценцией в газовой фазе. Пары 3,5-диметил-BDP обладают флуоресценцией, которую можно легко увидеть невооруженным глазом при возбуждении светодиодной лампой с длиной волны 365 нм. Яркая флуоресценция летучих красителей BDP представляет собой уникальное свойство. Возбуждение флуоресценции в газофазных системах при длине волны 494 нм, испускание при 499 нм. Таким же свойством, характерным для газофлуоресциющих BDP, обладает и BDP 505/515 краситель для липидов (в газовой фазе λmax(ex) = 492 nm; λmax(em) = 497 nm).

DusQ 1 фосфорамидит содержит нефлуоресцирующий тушитель с широким спектром поглощения, который перекрывает спектры флуоресценции в жёлтой и зелёной части спектра. Этот продукт используется для синтеза дважды меченых зондов для количественной ПЦР с тушителем DusQ 1 на 5’-конце и в других областях применения тушения по механизму FRET для мультиплексного анализа. Данный фосфорамидит имеет DMT-защиту гидроксиметильной группы, и может использоваться для очистки на картридже. Для DusQ 1 характерно поглощение в диапазоне 480 - 580 нм, что можно использовать для создания зондов для количественной ПЦР в сочетании с распространенными репортерами, такими как FAM, TET, JOE, HEX, Cyanine3 с целью формирования комплексов с высокой эффективностью тушения.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: ACCTGC(N)4 ACCTGC(N)4↑ TGGACG(N)8 TGGACG(N)8↓ Источник: Acinetobacter calcoaceticus 36 Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 25 25 50 50 100 100 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 100 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 100 ug/ml BSA; 7 mM 2-меркаптоэтанол; 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 3-кратным избытком фермента 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 4 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y Примечание: Избыток фермента приводит к появлению звездчатой активности.

В последние годы Cyanine5 (аналог Cy5®) приобрел весьма широкую популярность в качестве флуоресцентной метки как в исследованиях в области биологических наук, так и в диагностических применениях. Максимум флуоресценции этого флуорофора приходится на красную область спектра, где многие CCD-детекторы имеют максимальную чувствительность, а фон от биологических объектов низок. Цвет красителя очень насыщенный: даже весьма малые его количества (1 наномоль) можно увидеть в гель-электрофорезе невооруженным глазом. Активированное N-гидроксисукцинимидное (NHS) производное этого красителя (Cy5® NHS эфир) применяется для мечения аминогрупп в пептидах, белках, амино-модифицированных олигонуклеотидах. Для проведения реакции требуется небольшое количество органического растворителя (ДМФА или ДМСО - подробности см. в рекомендованном нами для этого реагента протоколе). Данный реагент идеален для мечения водорастворимых белков, пептидов и олигонуклеотидов. Он также хорошо работает в органических растворителях для мечения малых молекул. Для легко денатурируемых белков и в других молекул, плохо совместимых органическими сорастворителями, рекомендуется использовать водорастворимый активированный эфир sulfo-Cyanine5, не требующий использования органического растворителя и имеющий практически идентичные флуоресцентные свойства. Флуорофор Cyanine5 совместим с различными аналитическими приборами, включая большинство флуоресцентных микроскопов, имэджеров, сканеров флуоресценции. Существует ряд аналогов Сyanine5. Активированный эфир Cyanine5 успешно заменяет активированные эфиры Cy5® и DyLight 649.

Готовый набор для мечения антител красителем sulfo-Cyanine7. Этот набор содержит все необходимые компоненты (реагенты и расходные материалы) для того, чтобы провести 10 реакций мечения (до 100 мкг антитела на реакцию). Очистка продукта осуществляется с помощью гель-фильтрации на спин-колонках, включенных в набор. Точное измерение количества красителя гарантирует воспроизводимый результат мечения и оптимальное число молекул красителя на молекулу антитела. Очищенные меченые антитела в буфере PBS будут готовы через 40 минут (из них только 10 минут работы руками). Набор совместим с Трис-буфером, азидом натрия, глицерином.

Антитела кролика к иммуноглобулину A человека идеально подходят для использования в методах иммуноферментного анализа. В ИФА имеют следующую специфичность: IgA человека 100 % IgM человека <5% IgG человека <5% Сывороточный IgA обычно существуют в виде мономеров, но могут присутствовать в виде димеров (около 15%). Димерные молекулы IgA удерживаются за счет J-цепи. Существует два подкласса IgA - IgA1 и IgA2 - различающиеся дисульфидными мостиками в шарнирной области. Молекулы IgA содержат много углеводных участков и не связывают комплемент.

3,5-бис-[(E)-2-фенилэтенил]-BDP — это соединение симметричного строения из ряда бис(гетеро)арилэтенил-замещённых дифторидов дипиррометенбора. В молекуле присутствуют в транс-конфигурации относительно двойных связей две фенилэтенильные группы, что делает данное производное красителя BDP в значительной степени липофильным. Это нефункционализированное производное BDP может использоваться в микроскопии для проникновения внутрь клетки и окрашивания липидов. Производные флуорофора BDP обладают высокими квантовым выходом и фотохимической стабильностью, и могут применяться в качестве флуорогенных зондов для индикации липидных капель. Для производных с расширенной π-электронной системой благодаря введению ароматических, алкенильных или алкинильных заместителей в 3- и 5-положении дипирринового остова характерен сдвиг эмиссионного спектра в красную область по сравнению с большинством маркеров липидных капель из ряда классических красителей семейства бордипиррометена.

Пирен - полициклический ароматический углеводород, обладающий коротковолновой флуоресценцией. В отличие от других флуорофоров, он обладает большой чувствительностью к микроокружению - его флуоресценция в полярных и в неполярных окружениях различается. Когда два остатка пирена находятся рядом друг с другом, они образуют эксимеры (excited dimers - "возбужденные димеры"). Образование эксимеров может быть обнаружено и количественно оценено с помощью спектров флуоресценции. Эксимеры отличаются более длинноволновой флуоресценцией. Пирен азид - реагент для введения остатка пирена с помощью клик-химии. Этот реагент содержит линкер на основе триэтиленгликоля для увеличения гидрофильности и растворимости реагента и упрощения конъюгации с биомолекулами в водных средах.

ДБЦО-ПЭГ6-NHS-эфир — бифункциональный линкер, содержащий дибензоциклооктин (ДБЦО) и остаток N-гидроксисукцинимида на концах полимерного спейсера ПЭГ6 (гексаэтиленгликоля). Спейсер ПЭГ6 увеличивает растворимость реагента в водной среде и обеспечивает длинное и гибкое присоединение функциональных групп, сводящее к минимуму стерические затруднения, возникающие при лигировании. Дибензоциклооктин легко реагирует с азидами посредством безмедной клик-реакции (SPAAC). ДБЦО — один из наиболее реакционноспособных циклоалкинов, не реагирующий с тетразинами. Остаток N-гидроксисукцинимида (NHS) используется для связывания с первичными аминами белков, пептидов, модифицированных амином олигонуклеотидов и другими молекулами, содержащими амины.