Поиск

Азидометил-дезоксиуридин (AmdU) — нуклеозид с азидогруппой. Его структура похожа на структуру тимидина, благодаря чему он эффективно встраивается в растущую цепь ДНК при репликации клеточными ферментами, аналогично этинилдезоксиуридину (EdU). Модификация EdU требует дальнейшей конъюгации с азидами в присутствии медного катализатора. В случае AmdU, однако, можно использовать безмедную реакцию стерически промотируемого алкин-азидного циклоприсоединения (спААЦ) с напряженными циклоалкинами, такими как циклооктины. Таким образом, использование AmdU позволяет детектировать растущую ДНК в мягких физиологических условиях клетки, без использования медного катализатора.

Азидопроизводное красителя Cyanine3 для реакций клик-химии, аналог Cy3® азида. Cy3® - один из наиболее широко используемых флуорофоров, который совместим с различными флуориметрами, флуоресцентными микроскопами и системами имиджинга. Благодаря высокому коэффициенту экстинкции, Cyanine3 также очень хорошо детектируется в гелях невооруженным глазом. Этот краситель - несульфированное производное, требующее добавления органического растворителя (DMF, DMSO, ацетонитрила) для конъюгации в водных растворах. Водорастворимый вариант этого красителя - sulfo-Cyanine3 азид. Этот реагент поставляется как в твердом виде, так и в виде 10 мМ раствора в DMSO, готовом для использования в нашем рекомендованном протоколе. Cyanine3 по своим спектральным свойствам идентичен Cy3® и похож на DyLight 549.

Аполипопротеин А1 человека - основной белок в составе липопротеинов высокой плотности. Синтез АпоА1 происходит в печени и кишечнике. Печеночный белок является основой для образующихся липопротеинов высокой плотности. АпоА1, синтезированный в кишечнике, входит в состав хиоломикронов, однако в процессе липолиза в крови накапливается ЛПВП. АпоА1 - маркёр риска сердечно-сосудистых заболеваний, отражающий антиатерогенную активность липопротеидов высокой плотности.

Пирен - полициклический ароматический углеводород, флуоресцирующий в синей части спектра. Когда два остатка пирена расположены на небольшом расстоянии, в более длинноволновой области наблюдается флуоресценция эксимера. Поэтому пирен можно использовать в качестве метки для определения сближения биомолекул. Пирен имеет сродство к графиту и может использоваться в качестве якорной группы. Поэтому с помощью активированного эфира пиренилмасляной кислоты можно модифицировать биомолекулы для их иммобилизации на графите. С помощью этого активированного эфира остаток пирена можно вводить в биомолекулы, содержащие аминогруппы, например, в белки, пептиды, амино-ДНК и другие молекулы. Пирен - FRET-донор для перилена.

ProteOrange - краситель для визуализации белков в гелях, аналог SYPRO Orange. Этот флуорофор стирольного типа, содержащий цвитерионный фрагмент. Он селективно связывается с белками в присутствии нуклеиновых кислот, полисахаридов и других молекул. Он подходит для визуализации белков в присутствии додецилсульфата натрия (SDS). Краситель взаимодействует с оболочкой белка, состоящей из SDS, поэтому он демонстрирует меньшую вариацию прокрашивания между различными белками в геле, чем окрашивание Кумасси, и никогда не дает негативного окрашивания. Он хорошо окрашивает гликопротеины. Прокрашивание гелей ProteOrange приблизительно на порядок чувствительнее, чем окрашивание с помощью Кумасси. Так, ProteOrange позволяет детектировать около 3 нг белка на полоску (для Кумасси предел детекции 30 нг). ProteOrange поставляется в виде 5000x раствора в ДМСО; 1 мл этого раствора достаточно для прокрашивания около 200 мини-гелей.

BDP TMR - бордипиррометеновый краситель с длинами волн поглощения и эмиссии, соответствующими каналам TAMRA. Краситель характеризуется длительным временем жизни возбужденного состояния. Это азидопроизводное для мечения по реакции [3+2]-диполярного циклоприсоединения к алкинам (Click chemistry).

Водорастворимое гидрофильное производное красителя sulfo-Cyanine5 для мечения сульфгидрильных групп белков и пептидов. Мы рекомендуем этот продукт для мечения антител и других белков в качестве замены Cy5® малеимида, полным аналогом которого является sulfo-Cyanine5 малеимид. Меченые белки можно отделить от непрореагировавшего красителя гель-фильтрацией, в том числе на спин-колонках, а также диализом, электрофорезом или хроматографией. Аналог без сульфогрупп - Cyanine5 малеимид - пригоден для мечения пептидов и некоторых белков.

Фенилэтинилпирен (PEP) - флуорофор из ряда полициклических ароматических углеводородов (ПАУ), имеющий высокую чувствительность к микроокружению. Аналогично пирену, PEP образует эксимеры. В сравнении с пиреном, этот AF 384 (PEP) флуорофор имеет сдвинутые в красную область спектры поглощения и эмиссии. Этот реагент содержит линкер на основе триэтиленгликоля, который увеличивает растворимость липофильного флуорофора в водных средах и способствует упрощению конъюгации. С помощью этого реагента и клик-реакций, PEP можно присоединить к любой молекуле, содержащей алкин.

dsGreen - чувствительный ДНК-связывающий краситель, специфичный в отношении двухцепочечной ДНК и ДНК-РНК-дуплексов. Он широко используется для детекции нуклеиновых кислот в агарозных и полиакриламидных гелях. В отличие от бромистого этидия, dsGreen высокоселективен в отношении двухцепочечных нуклеиновых кислот, не обладает выраженной мутагенной активностью и обеспечивает намного более высокую чувствительность обнаружения нуклеиновых кислот.

Сайт узнавания и позиция гидролиза: AGCT AG↑CT TCGA TC↓GA Источник: Из штамма E.coli несущего клонированный ген Alu I изArthrobacter luteus Определение единицы активности: За единицу активности принимается количество фермента, необходимое для гидролиза 1 мкг ДНК фага лямбда за 1 час при 37°С в 50 мкл реакционной смеси. Субстрат для определения активности: ДНК фага лямбда Оптимальный буфер: SE-буфер Y Активность фермента в различных буферах в процентах от максимальной: B G O W Y ROSE 75 75 10 50 100 50 Условия хранения: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5); 100 mM NaCl; 0.1 mM EDTA; 200 μg/ml BSA; 1 mM DTT, 50% глицерин; Хранить при -20°С. Лигирование: После гидролиза 5-кратным избытком фермента примерног 90% фрагментов ДНК сшиваются ДНК-лигазой и могут быть повторно расщеплены. Неспецифический гидролиз: Картина специфического гидролиза не изменяется при обработке 1 мкг ДНК 4 ед фермента в течение 16 часов при 37°С. Чувствительность к метилированию: не проверялось С ферментом поставляется: 10 Х SE-буфер Y. Для фасовок Turbo (E015T и E016T) прикладывается только буфер ROSE.

Алкин-ПЭГ2-карбоновая кислота - бифункциональный реагент на основе диэтиленгликоля, содержащий карбоксигруппу и алкиновый фрагмент. Карбоксильную группу можно активировать с помощью реагентов для пептидного синтеза, таких как PyBOP, или карбодиимидов (EDC, DCC), и модифицировать ей амины с образованием стабильной амидной связи. Терминальную алкиновую группу можно конъюгировать с азидами в присутствии катализатора на основе соединений меди (I) с образованием триазолов. Полиэтиленгликоли - гидрофильные линкеры, идеально подходящие для синтеза водорастворимых конъюгатов.

Дисукцинимидилглутарат (DSG) представляет собой гомобифункциональный сшивающий агент, который содержит две эфирные группы N-гидроксисукцинимида (NHS) на каждом конце короткого 5-атомного (7,7 ангстрем) спейсера. DSG способен проникать через клеточную мембрану, не расщепляясь в клетке, что позволяет осуществлять с его помощью внутриклеточное мечение пептидов и белков. NHS-эфиры реагируют с аминогруппами лизина и N-концов пептидов и белков, образуя ковалентную амидную связь и высвобождая NHS-группу. DSG обычно используют для связывания меченых радиоактивными изотопами лигандов с рецепторами клеточной поверхности, а также для определения связывающих взаимодействий ДНК с белком методом ChIP. Мечение при помощи DSG часто комбинируют с фиксацией формальдегидом для улучшения обнаружения комплексов ДНК-белок. DSG нерастворим в воде, и перед добавлением в водные растворы его необходимо растворить в органических растворителях, таких как ДМСО или ДМФА.