Unipro UGENE
Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке.
Ниже представлены основные возможности продукта:
Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей.
Быстрый поиск в последовательности
Множественное выравнивание последовательностей: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, серверы DAS
Онлайн и локальный BLAST поиск
ПЦР in silico
Поиск открытых рамок считывания
Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE
Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров
Аннотирование плазмид
Клонирование in silico
Выравнивание на геном с помощью Bowtie, BWA или UGENE Genome Aligner
Визуализация выравненных коротких прочтений с помощью UGENE Assembly Browser
Поиск геномных вариаций с помощью SAMtools
Обработка сырых данных NGS
Анализ RNA-Seq данных с помощью TopHat и инструментов Cufflinks
SPAdes de novo ассемблер
Поиск гомологов с HMMER2 и HMMER3
Работа с хроматограммами
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON
Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных
Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана
Построение филогенетических деревьев (с помощью IQ-TREE, PHYLIP Neighbor Joining, MrBayes или PhyML Maximum Likelyhood) и редактирование деревьев
Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем
Сборки контигов (CAP3)
Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта
Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED
Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей
Выравнивание мРНК (Spidey)
Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов.
Произведено в: Новосибирск