Программное обеспечение

Unipro UGENE предоставляет множество методов обработки генетических и белковых последовательностей. Это — анализ, аннотирование, сравнение, поиск, выравнивание, моделирование, комплексные вычисления. Разнообразная визуализация, навигация и масштабирование, поддержка множества генетических форматов данных , оптимизация алгоритмов, возможности редактирования и графического построения различных вычислительных схем существенно ускоряют работу. UGENE отлично работает на Windows, Mac OS, Linux и прост в установке и использовании. Обладает интерфейсом как на русском, так и на английском языке. Редактирование и аннотирование последовательностей Поиск функциональных элементов и гомологов Выравнивание и филогения Клонирование in silico/ПЦР in silico Работа с хроматограммами Обработка данных NGS — сборка и визуализация генома, транскриптома, ChiP-Seq Поиск геномных вариаций Поиск в удаленных базах данных Дизайнер вычислительных схем для многошагового анализа с десятками готовых схем

Основные функции программы включают: Обратная трансляция аминокислотной последовательности с оптимизацией кодонного состава под определённый организм. Оптимизация кодонного состава входной нуклеотидной последовательности. Исключение определённых сайтов рестрикции и/или сплайсинга и/или пользовательских мотивов из нуклеотидной последовательности. Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды для последующей сборки одним из методов: Polymerase Cycling Assembly (PCA), Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO). Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки для последующей сборки одним из методов: Gibson assembly, Overlap extension PCR. Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду одним из методов: Gibson assembly, Gateway.

Разреженные системы уравнений – это системы с матрицами коэффициентов, у которых число ненулевых элементов много меньше размера матрицы, а именно, число ненулевых элементов в строке значительно меньше числа столбцов в матрице. В зависимости от размера доступной памяти, размерности матриц решаемых систем могут достигать несколько миллионов, с несколькими сотнями миллионов ненулевых элементов. Такой объем данных возникает в задачах связанных с численным моделированием физических процессов (теплоперенос, акустические, упругие и электромагнитные волновые процессы), математическим моделированием в различных сферах (экономика, логистика, медицина), при проведении инженерных расчетов в системах CAD/CAE. ПК USPARS может использоваться как независимая вычислительная программа или как вычислительное ядро в прикладных ИТ-системах. Реализация ПК USPARS использует весь набор вычислительных приемов, доказавших свою эффективность для решения СЛАУ с разреженными матрицами коэффициентов – это перестановки разных видов (matching, pivoting, и др.), балансировка коэффициентов, итерационное уточнение, глобальные перестановки. Разработан ряд собственных оригинальных компонент. Так, например, для отыскания перестановок матриц с целью снижения заполненности треугольных факторов разработана компонента Atlant, где используется комбинированный алгоритм на основе многоуровневого метода вложенных сечений и эффективного авторского метода переупорядочивания подграфов малого размера. Использование многопоточности Для повышения производительности вычисления в USPARS распараллелены с использованием средств библиотеки OpenMP. Это позволяет ускорить работу при увеличении количества вычислительных ядер. В программе можно самим задавать число используемых omp-потоков.

ГИС Панорама Мини предназначена для создания и редактирования цифровых карт и планов городов, просмотра данных ДЗЗ, обработки растровых данных, содержит средства подготовки графических документов в цифровом и печатном виде, а также для работы с базами данных.

"Панорама-редактор" позволяет создавать высококачественные электронные карты с использованием растрового изображения исходных картографических материалов, материалов Дистанционного Зондирования Земли (результатов воздушного и космического фотографирования земной поверхности), а также результатов полевых геодезических измерений.

VR-приложение содержит эксперименты и практические задания по темам: Амфотерность/Получение амфотерного гидроксида; Взаимодействие оксидов с водой; Восстановительные свойства галогенидов; Выбор возможных реакций (ОГЭ-24); Задача на распознавание солей (карбонаты); Задача на распознавание солей (фосфаты, нитраты, соли аммония); Качественный анализ; Кислотно-основная классификация оксидов; Кислотно-основные индикаторы; Общие и специфические свойства кислот; Общие и специфические свойства оснований; Окислительные свойства простых веществ галогенов; Оксиды металлов; Определение анионов (H₂O, Na₂SO₄, Na₂S, NaCl и Na₂CO₃); Определение анионов (H₂O, Na₂SO₄, Na₂SO₃, Na₂S и Na₂CO₃); Определение катионов; Пламенный анализ; Различение солей серосодержащих кислот; Свойства азотной кислоты, аммиака и солей аммония; Свойства концентрированной серной кислоты и ее раствора; Свойства некоторых соединений углерода и кремния; Свойства оксида фосфора и фосфорной кислоты; Свойства слабых кислот и оснований; Свойства соединений железа и алюминия; Свойства сульфидов; Сокращенно-ионные уравнения; Цепочки превращений; Электрохимический ряд.

Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.. Инструмент помогает: быстро получать исчерпывающую информацию по каждой вариации (гены, риски, болезни) выбирать интересующие вариации, с помощью программных фильтров (по болезням, по положению в генах/хромосомах, по повреждающему эффекту, по встречаемости, а также неизвестные) детально визуализировать интересующие вариации Бета-версия доступна по запросу на snp-dev[ ]unipro.ru

Универсальная геоинформационная система, имеющая средства создания и редактирования цифровых карт и планов городов, обработки данных ДЗЗ, выполнения различных измерений и расчетов, оверлейных операций, построения 3D моделей, обработки растровых данных, средства подготовки графических документов в цифровом и печатном виде, а также инструментальные средства для работы с базами данных.

Обработка осуществляется по классической методике, основанной на использовании палеток, моделирующих геолого-технические условия залегания и вскрытия пород. По результатам обработки определяются фильтрационно-емкостные свойства пласта, выполняются литологическое расчленение и построение объемной модели, выделение пластов и коллекторов, расчет коэффициента нефтенасыщенности (Кн), оценка характера насыщения и др. Основные возможности: - Определение фильтрационно-емкостных свойств Определение водородосодержания по кривым нейтронного гамма-каротажа (НГК), одно/двух/трех-зондового нейтрон-нейтронного каротажа; определение пористости по кривым акустического каротажа (АК), плотностного каротажа (ГГК). Определение коэффициента глинистости по кривым гамма каротажа (ГК); открытой пористости по РК. - Определение Кн и оценка характера насыщения Расчет непрерывных и попластовых кривых коэффициента нефтенасыщенности Кн, параметра насыщения Рн и нефтенасыщенной пористости Кн*Кп по различным моделям. - Снятие отсчетов в пластах Снятие существенных значений в пластах одновременно с нескольких кривых ГИС в заданных интервалах. В качестве интервалов пластов могут использоваться любые колонки: пропластки, коллектор, литология, насыщение. - Ввод поправок за аппаратуру и скважинные условия Ввод поправок включает программы исправления кривых радиоактивного каротажа за аппаратурные погрешности, за скважину и положение прибора в ней; кривых ИК за скважину (в том числе путем уточнения нуля и масштаба записи по произвольному числу опорных пластов), скин-эффект и вмещающие породы, БК за скважину и вмещающие породы; кривой ПС за влияние скважины, толщины пласта, сопротивлений пласта, зоны проникновения и вмещающих пород. - Кросс-плоты Построение распределений параметров, графиков сопоставления двух параметров и графиков сопоставления двух параметров в зависимости от третьего параметра в составе системы. Модуль может быть использован для оценки качества исходных данных и результатов их обработки, построения зависимостей и определения их коэффициентов, для проведения классификации и решения других задач, возникающих в процессе интерпретации. - Нормализация данных ГИС Нормализация данных одного метода по данным другого, по выбранной пользователем формуле преобразования базовой и нормализованной кривой. Выделение коллекторов и оценка эффективной пористости по ГК, НГК на основе связанной водонасыщенности. Оценка пористости и литологического состава карбонатного разреза с доломитизацией. Оценка характера насыщения по нормализации удельного сопротивления и кривой НГК, переведенной в кривую сопротивления пласта при полном водонасыщении. - Работа с данными керна Параметры керна выводятся на планшете в виде попластовых кривых с использованием значков. В модуле реализованы алгоритмы увязки керновых данных по глубине, включая фотографии, есть возможность получить статистику, процент выноса керна и др. - Палетки Используются база простых и комплексных палеток для: ввода аппаратурных поправок в радиоактивные методы (одно-двух-трех зондовые приборы ); корректировки диаметра скважины и расчета толщины глинистой корки; корректировки параметров по глубине (Т, ДТ глин), приведения метода ГК к стандартным условиям; исправления методов электрометрии (БК, ИК различной модификации, ПС).

Перед выполнением расчетов выполняется оценка качества исходных кривых и их корректировка, а также уточнение удельного электрического сопротивления промывочной жидкости. Основные возможности: - Проверка качества электрических методов и определение УЭС промывочной жидкости Оценка качества показаний зондов БКЗ осуществляется по опорным пластам, в качестве которых выбираются мощные пласты непроницаемых глин. Задается рекомендуемый коридор допустимой погрешности в 5% абсолютных значений. Зонды, не укладывающиеся в этот диапазон, корректируются или исключаются из обработки. - По корректным значениям отсчетов БКЗ (исходным или исправленным) в опорных интервалах уточняется УЭС промывочной жидкости. Имеется возможность проверить соответствие подобранной модели для остальных методов электрометрии (ИК, БК, ПЗ). Комплексная интерпретация данных БКЗ, БК, ИК Геоэлектрические параметры среды (УЭС пласта, УЭС зоны проникновения и радиальный размер зоны проникновения) рассчитываются автоматически по всем методам электрометрии с возможностью экспертного ручного изменения модели в отдельно взятом интервале разреза; произвольного выбора количества зондов и методов, участвующих в расчетах; ручного построения кривой УЭС пласта с зафиксированными УЭС и диаметра зоны проникновения. - Формирование отчета Снятые со входных кривых отсчеты и результаты обработки выдаются в стандартном окне формирования отчетов. Через меню «Редактор» можно сохранить отчет в файл формата WORD или EXCEL. Теоретической основой проекта являются "Методические указания по комплексной интерпретации данных БКЗ, БК, ИК" и набор палеток, составленных Е.В. Чаадаевым, И.П. Бриченко, А.А. Левченко и А.В.Малининым.

Основные возможности: - Импорт/Экспорт данных Система Прайм позволяет импортировать данные ГИС, в том числе данные инклинометрии, из файлов различных форматов: LAS, LIS, LBS, ИНГИС, АРМГ, LOG, ZAK, RGI, GIS, PLN, LST, CRV, ИНГЕФ и др. - Визуализация и Печать В системе Прайм можно настроить отображение масштабных сеток и линеек для кривых ГИС, отображение самих кривых, использовать цветовые заливки между ними, специальные заливки (рисунки) для отображения колонок литологии, насыщения и т.п. - Шаблоны планшетов Один раз создав в системе Прайм каротажный планшет для определенного набора данных ГИС, пользователь может сохранить этот планшет как шаблон. Для всех последующих аналогичных исследований уже не потребуется тратить время на настройку визуализации данных, достаточно будет применить сохраненный ранее шаблон и все данные расположатся нужным образом на планшете - Увязка кривых по глубине Доступны как ручная увязка, когда пользователь вручную указывает как сдвинуть и сжать/растянуть кривую или группу кривых, так и автоматическая увязка кривых по глубине. - Настройка меню Наборы функций, доступные в Главном меню системы Прайм и в Меню планшета, могут настраиваться пользователем по своему усмотрению. При этом пользователь сам определяет, в каком месте панели меню разместить ту или иную кнопку, а также может задать сочетание клавиш клавиатуры для быстрого вызова указанной функции. - Хранение данных исследований и сопутствующих файлов Все данные, загружаемые и получаемые в результате обработки в системе Прайм, автоматически сохраняются в его внутреннюю рабочую область - файл с расширением WS (Work Space). Формат данного файла был разработан компанией ГеоТЭК специально для работы с геофизическими данными. - Внутренний язык программирования (Программы пользователя) Программы пользователя – это внутренний язык системы, на котором можно писать программы разной степени сложности. С одной стороны, даже пользователи не являющиеся программистами могут писать программы на встроенном языке. Базовая версия (ядро) - это базовый набор программных модулей для работы с данными геолого-геофизических исследований скважин. Программа поставляется в двух версиях: ПРАЙМ - предназначена для работы в России и СНГ. Интерфейс программы представлен на русском языке. PRIMEGEO - предназначена для работы по всему миру. Интерфейс программы представлен на русском и английском языках, имеется возможность добавления других языков. Обе версии программы позволяют выполнять обработку как непрерывных по глубине данных (н-р, каротажных кривых), так и попластовых данных (таблицы керна, насыщения, литологии, стратиграфии и др.).

Пакет модулей позволяет многоскважинно загружать в проект различные форматы данных (в том числе табличные данные с информацией по стратиграфии, перфорации, данным по скважинам и многое другое), а также строить корреляционные схемы и геологические профили, оценивать качество исходных данных и результатов их обработки, выполнять площадной анализ с помощью модулей построения многоскважинных кросс-плотов и гистограмм, осуществлять многоскважинную выгрузку данных по скважинам, и др. Основные возможности: - Загрузка данных Многоскважинный импорт данных (LAS, GEO, INC, ARMG, DAT и т.д.), многоскважинная загрузка табличных данных (плоские таблицы EXCEL, WORD, TXT) стратиграфии, перфорации, коллекторов, интерпретации, инклинометрии, керна и т.д. - Массовое создание и преобразование планшетов Создание планшетов для выбранной ветки или набора скважин в навигаторе Прайм по указанному пользователем шаблону. Если на каком-то этапе работ возникает необходимость изменить планшеты (добавить или удалить какие-либо данные на планшете, изменить отображение объектов планшета), то на этот случай доступны операции массового преобразования имеющихся в базе планшетов. - Корреляционные схемы Создание корреляционных схем по указанному пользователем набору скважин. Скважины выбираются либо из дерева скважин в навигаторе Прайм, либо на карте скважин. Для удобства в системе имеются готовые шаблоны, а также реализована возможность построения кор. схем на основе планшета конкретной скважины. - Кросс-плоты, гистограммы и матричные плоты Построение распределений параметров, графиков сопоставления двух параметров и графиков сопоставления двух параметров в зависимости от третьего параметра в многоскважинном режиме. - Анализ согласованности данных Получение статистических параметров по кривым с помощью алгоритмов статистики и суммирования. Проверка соответствия границ и кодов для колонок стратиграфии, коллектора, насыщения, литологии в многоскважинном режиме. - Расчеты по пользовательским скриптам Реализация собственных или использование готовых алгоритмов, написанных на внутреннем скриптовом языке программирования Прайм, для выполнения расчетов в многоскважинном режиме (пакетная обработка). - Выгрузка данных Многоскважинный экспорт LAS по выбранной ветке или набору скважин в навигаторе, многоскважинная выгрузка данных по скважине/скважинам в плоскую таблицу EXCEL