Биореактивы

Перилен является полициклическим ароматическим углеводородом, содержащим пять конденсированных бензольных колец. Плоская структура перилена обусловливает его флуоресценцию и низкую растворимость его производных. Перилен характеризуется интенсивной зеленой флуоресценцией, прекрасной фотостабильностью и близким к 100% квантовым выходом. По этой причине перилен - это один из наиболее перспективных компонентов при создании новых молекулярных зондов, функциональных материалов и молекулярных устройств. 3-этинилперилен содержит алкиновую группу, способную вступать в реакцию Click Chemistry и реакцию сочетания по Соногашире.

Биоцитин (ε-биотиноил-L-лизин) — производное D-биотина и L-лизина. Соединение содержит одновременно карбоксильную группу и аминогруппу, благодаря чему широко используется в качестве спейсера и компонента трифункциональных кросслинкеров при модификации белков. Биоцитин, являясь коферментом биотинидазы, может быть использован для определения специфичности биотинидаз и при изучении кинетики и механизмов клеточной доставки. Биоцитин также используется в качестве антероградного нейротрейсера. Биоцитин гидрохлорид обладает высокой растворимостью в водных растворах, проводить биотинилирование белков с его помощью можно в слабокислых условиях (pH 4-6) с использованием EDAC, что отличает его от активированных NHS эфиров биотина.

Максимум возбуждения AF 430 соответствует 430 нм, максимум эмиссии — 542 нм, сдвиг Стокса — 112 нм. Краситель фотостабилен и обладает флуоресценцией, нечувствительной к изменениям рН. Для возбуждения красителя AF 430 рекомендуется использовать лазеры с длинами волн 405 нм или 445 нм. AF 430 карбоновая кислота — это неактивная форма AF 430, которая может использоваться в качестве отрицательного контроля для конъюгатов AF 430, например, при флуоресцентной микроскопии окрашенных образцов.

Производное красителя Cyanine 5.5, излучающего в дальнекрасном-ближнем ИК-диапазоне. Имеет реакционную способность по отношению к карбонильным группам альдегидов и кетонов. Гидразиды быстро реагируют с карбонильными соединениями, образуя стабильные гидразоны. Этой реакцией удобно пользоваться для приготовления меченых конъюгатов. Карбонильные группы образуются в биомолекулах после воздействия окислительного стресса или деаминирования белков. Кроме того, альдегидные группы можно ввести искусственно путем окисления углеводной части гликозилированных белков (в том числе антител) периодатом. Так, антитела можно пометить флуоресцентным красителем, окислив их периодатом натрия и затем введя в реакцию с гидразидом Cyanine5.5. Данный способ мечения антител особенно хорош тем, что углеводные остатки находятся в удалении от вариабельного сайта связывания эпитопа, поэтому мечение не оказывает большого влияния на аффинность. Сyanine 5.5 - флуорофор для дальнекрасной и ближней ИК-области, аналог Cy5.5®. Он особенно подходит для тех случаев, когда фоновая флуоресценция должна быть низкой. Длины волн поглощения и флуоресценции красителя достаточно хорошо проникают через ткани, поэтому Cyanine5.5 пригоден для имэджинга in vivo в ближнем ИК-диапазоне.

BDP 650/665 алкин — производное красителя BDP, обладающего эмиссией в красной области спектра. Данное производное содержит терминальную этинильную группу для конъюгации с азидами посредством клик-реакции. Спектры поглощения и эмиссии BDP 650/665 идеально подходят для канала Cy5 большинства приборов.

AF 488 — яркий и фотостабильный краситель, который, благодаря своей гидрофильности, хорошо подходит для мечения чувствительных белков и антител. AF 488 представляет собой сульфированное производное красителя родамин 110 (R110). Как и другие родамины, AF 488 представлен двумя изомерами, 5- и 6-, обладающими практически идентичными фотофизическими свойствами, но требующими их разделения, поскольку использование смеси изомеров приводит к «двоению» пиков меченых продуктов при ВЭЖХ и электрофоретическом разделении. Данный продукт содержит изомерно чистый 5-AF 488. Тетрафторфениловые (TFP) эфиры принадлежат к группе активированных сложных эфиров, которые широко используются для конъюгации флуорофоров с первичными и вторичными аминами биомолекул. Как и гидроксисукцинимидные (NHS) эфиры, они образуют прочную амидную связь между красителем и соединением, которое подвергается модификации, однако, TFP сложные эфиры более стабильны при основных значениях pH, характерных для реакций с аминами, а также менее подвержены спонтанному гидролизу.

sulfo-Cyanine5 — сульфированное производное красителя Cyanine5, хорошо растворимое в воде за счет наличия в структуре красителя двух отрицательно заряженных сульфогрупп. По спектральным свойствам является аналогом Cy™5 с максимумом флуоресценции в дальне-красной области спектра. Гидразиды эффективно взаимодействуют с альдегидами и кетонами с образованием гидразонов, поэтому данное соединение хорошо подходит для коньюгации с карбонильными производными биомолекул. Реакция проходит в водных условиях, что важно при работе с антителами и многими другими белками. Цис-диольные группы в сахарах в структуре гликозилированных белков и антител можно окислить в диальдегиды, а цистеин в белках можно ферментативно превратить в формилглицин — реакционноспособные группы для конъюгации с гидразидом sulfo-Cyanine5. Карбоксильные группы аспарагиновой и глутаминовой кислот в белках и пептидах также могут быть конъюгированы с гидразидом sulfo-Cyanine5 в присутствии активирующих агентов: производных карбодиимида (EDAC) или метилморфолина (DMTMM).

Гидразидное производное Cyanine7 - флуорофора для ближней ИК-области, аналога Cy7®. Этот вариант гептаметинового флуорофора содержит циклогексеновое кольцо, увеличивающее жесткость полиметиновой цепочки. Благодаря этой особенности структуры, квантовый выход флуорофора выше на 20% в сравнении с родоначальным соединением. Гидразиды быстро и гладко реагируют с альдегидами и кетонами с образованием стабильных гидразонов. Эта реакция хорошо подходит для синтеза флуоресцентно-меченых производных. Она годится и для мечения гликопротеинов после их окисления периодатом.

TechnoDye 498/505 - водорастворимый флуорофор. Его спектры поглощения и эмиссии демонстрируют сходство со спектрами для флуоресцеина. Однако, в отличие от флуоресцеина, TechnoDye 498/505 флуоресцирует также и в кислой среде, а также существенно более фотостабилен и устойчив к окислению.

DusQ 2 dT фосфорамидит — это реагент для синтеза модифицированных олигонуклеотидов, содержащих нуклеотид с основанием, несущим нефлуоресцирующий тушитель. DusQ 2 применяют для приготовления зондов для количественной ПЦР (qPCR) с репортером и тушителем. Данный фосфорамидит имеет DMT-защиту гидроксиметильной группы, и может использоваться для очистки на картридже. Для DusQ 2 характерно высокое значение коэфициента экстинкции, он эффективно гасит флуоресценцию репортеров даже в дальнем красном диапазоне, например, Cyanine5. DusQ 2 имеет широкий спектр поглощения в красной до ближне-инфракрасной области спектра, он работает в паре с красителями, испускающими в диапазоне 560–670 нм, такими как TAMRA, ROX, Cyanine3 и Cyanine5.

DusQ 2 активированный эфир можно конъюгировать с модифицированными олигонуклеотидами, различными амин-содержащими белками и другими молекулами. DusQ 2 является тушителем, для которого характерен максимум поглощения при 552 нм. Находит широкое применение в методах исследования FRET в качестве акцептора в паре с флуорофорами с эмиссией в жёлтой и оранжевой до красной областей спектра, например, Cyanine3, Cyanine5, ROX, Texas Red, AF 555, AF 594, AF 647.