TAMRA-2,4-динитроанилин (TMR DN)

TMR DN - это нетоксичный для клеток зонд на основе 5-карбокситетраметилродамина (TMR) и контактного тушителя динитроанилина (DN), способный проникать в клетку через клеточную мембрану.
Коровая часть молекулы представляет собой ароматический фрагмент с отрицательно-заряженной карбоксильной группой и обладает выраженными флуоресцентными свойствами, при этом уменьшает неспецифическое связывание с геномной ДНК или РНК.
Сенсоры на основе РНК-аптамеров и TMR DN используются для внутриклеточной визуализации мРНК, рРНК в живых прокариотических и эукариотических клетках. Тандемные повторы аптамеров (например, SRB-2) могут быть преимуществом для визуализации менее стабильных РНК и тех РНК, количества которых в клетке очень малы. Преимуществом системы SRB-2/TMR DN является ее высокая яркость, сравнимая с GFP (зеленым флуоресцентным белком), при меньших размерах комплекса. SRB-2 также полностью ортогонален Spinach/Broccoli аптамерам, перекрестная реактивность между аптамерами и их лигандами (TMR DN и DFHBI) отсутствует, что позволяет использовать TMR DN и SRB-2 в комбинации с другими парами зонд/аптамер для визуализации и изучения динамики одновременно нескольких РНК [1]. Максимумы возбуждения и флуоресценции комплекса SRB-2/TMR DN составляют 561 и 587 нм соответственно и находятся в оранжевой области спектра, где собственная клеточная автофлуоресценция довольно низкая [2].