YODi-1, зеленый флуоресцентный краситель для нуклеиновых кислот

Hoechst 33342 (бисбензимид, HOE 33342) — проникающий в клетки синий флуоресцентный краситель, прочно связывающийся с богатыми аденином и тимином областями малой бороздки двухцепочечной ДНК. Хотя Hoechst 33342 может связываться со всеми нуклеиновыми кислотами, именно связывание его с нитями дцДНК, богатыми А и Т, значительно усиливает флуоресценцию красителя. Комплекс Hoechst 33342 с ДНК, имеет максимумы возбуждения/эмиссии при 351/461 нм соответственно. Интенсивность флуоресценции Hoechst 33342 увеличивается с увеличением pH растворителя. Несвязанный краситель флуоресцирует в диапазоне 510–540 нм. Зеленая флуоресценция несвязанного Hoechst 33342 может наблюдаться при использовании избыточной концентрации красителя или недостаточном отмывании образца. Hoechst 33342 имеет значительный стоксов сдвиг между спектрами возбуждения и излучения, что делает его идеальным для экспериментов с многоцветным мечением. Дополнительная этильная группа в Hoechst 33342 делает его более проникающим для клеток, чем DAPI и другие красители семейства Hoechst. Hoechst 33342 обладает в 10 раз большей клеточной проницаемостью, чем Hoechst 33258. Hoechst 33342 также менее токсичен, чем DAPI, что обеспечивает более высокую жизнеспособность окрашенных клеток. Hoechst 33342 широко используется во флуоресцентной микроскопии и проточной цитометрии для окрашивания хромосом и ядер в живых и фиксированных клетках. Краситель часто используется для различения конденсированных пикнотических ядер в апоптотических клетках и сортировки клеток. Флуоресценция Hoechst 33342 гасится бромдезоксиуридином (BrdU), обычно используемым для обнаружения делящихся клеток. Предполагается, что, когда BrdU интегрируется в ДНК, бром деформирует малую бороздку, не позволяя красителям Hoechst достичь оптимального места связывания. Это свойство Hoechst 33342 используется в исследованиях клеточного цикла. Обычно используемая концентрация красителя для окрашивания бактерий или клеток эукариот составляет 0,1–10 мкг/мл. Мы предлагаем Hoechst 33342 в виде сухого вещества (1H010), концентрированного 10 мг/мл водного раствора (2G010), а также в готовой к использованию форме (скоро в продаже).

Липофильные карбоцианиновые трейсеры представляют собой цианиновые флуоресцентные красители, несущие длинные гидрофобные углеводородные хвосты. Данные красители обладают низкой флуоресценцией в водной среде, но демонстрируют ее значительное увеличение при включении в липидные бислои. Они эффективно и прочно маркируют цитоплазматические мембраны и внутриклеточные мембранные структуры различных типов клеток [1]. Карбоцианиновые красители используются в исследованиях, изучающих слияние клеток [2], клеточную адгезию [3] и миграцию [4], из-за их минимальной токсичности и отсутствию переносу красителя между клетками. Многоцветное окрашивание разных популяций клеток используют для последующей их идентификации после смешивания клеточных культур. Двойное мечение позволяет точно определить клетки, которые слились друг с другом, либо сформировали кластеры [5]. Кроме того, эти красители широко используются в качестве антероградных и ретроградных аксональных трейсеров в живых [1,6] и фиксированных [7,8] нервных тканях и клетках. Данный набор содержит образцы восьми карбоцианиновых красителей, обладающих различной скоростью мембранной диффузии, растворимостью и флуоресцентными свойствами: DiI (DiIC18(3); 1,1’-диоктадецил-3,3,3’,3’-тетраметилиндокарбоцианин) — яркий и фотостабильный оранжево-красный флуоресцентный липофильный краситель, широко используемый для мечения мембран, трассировки клеток и аксонов, а также для визуализации методом микроскопии сверхвысокого разрешения STORM [9]. DiO (DiOC18(3); 3,3’-диоктадецилоксакарбоцианин) — широко используемый зеленый флуоресцентный липофильный краситель с меньшей скоростью латеральной диффузии в мембранах, чем у DiI. DiO часто используется вместе с DiI для двухцветного мечения. DiA (4-Di-16-ASP; 4-(4-(дигексадециламино)стирил)-N-метилпиридиния йодид) — желто-зеленый флуоресцентный липофильный краситель, который диффундирует гораздо быстрее, чем DiO, в клеточных мембранах. Он часто используется вместе с DiI для двухцветного мечения. DiD (DiIC18(5); 1,1’-диоктадецил-3,3,3’,3’-тетраметилиндодикарбоцианин) — аналог DiI со смещенными в красную область спектрами возбуждения и испускания флуоресценции, что позволяет избегать автофлуоресценции и фототоксических эффектов при визуализации. Краситель широко используется для многоцветного мечения и визуализации методом микроскопии сверхвысокого разрешения STORM [9]. DiR (DiIC18(7); 1,1’-диоктадецил-3,3,3’,3’-тетраметилиндотрикарбоцианин) — флуоресцентный липофильный краситель ближнего инфракрасного диапазона (NIR). Инфракрасная область спектра оптически прозрачна для многих тканей, поэтому DiR можно использовать для визуализации мелких животных in vivo [10] и микроскопии сверхвысокого разрешения STORM [9]. Neuro-DiO — зеленый флуоресцентный липофильный карбоцианиновый краситель. В отличие от DiO, Neuro-DiO обладает лучшей растворимостью в мембранах и менее склонен к образованию нефлуоресцентных агрегатов, снижающих скорость диффузии красителя. RAPID DiI (дилинолеил DiI; FAST DiI™; 1,1’-дилинолеил-3,3,3’,3’-тетраметилиндокарбоцинанин) — ненасыщенный аналог DiI с более высокой скоростью латеральной диффузии в клеточных мембранах, чем у исходного DiI. Данное свойство делает краситель особенно полезным для маркирования нейронов как в живых, так и в фиксированных тканях. RAPID DiO (дилинолеил DiO; FAST DiO™; 1,1’-дилинолеил-3,3’-оксакарбоцинанин) представляет собой ненасыщенный аналог DiO с более высокой скоростью латеральной диффузии в клеточных мембранах, чем у исходного DiO. Данное свойство делает краситель особенно полезным для маркирования нейронов как в живых, так и в фиксированных тканях.

Hoechst 34580 (бисбензимид, HOE 34580) — проникающий в клетки синий флуоресцентный краситель, прочно связывающийся с богатыми аденином и тимином областями малой бороздки двухцепочечной ДНК. Хотя Hoechst 34580 может связываться со всеми нуклеиновыми кислотами, именно связывание его с нитями дцДНК, богатыми А и Т, значительно усиливает флуоресценцию красителя. Комплекс Hoechst 34580 с ДНК, имеет максимумы возбуждения/эмиссии при 380/438 нм соответственно. Интенсивность флуоресценции Hoechst 34580 увеличивается с увеличением pH растворителя. Несвязанный краситель флуоресцирует в диапазоне 510–540 нм. Зеленая флуоресценция несвязанного Hoechst 34580 может наблюдаться при использовании избыточной концентрации красителя или недостаточном отмывании образца. Hoechst 34580 имеет значительный стоксов сдвиг между спектрами возбуждения и излучения, что делает его идеальным для экспериментов с многоцветным мечением. Hoechst 34580 способен проникать в живые клетки, однако его клеточная проницаемость меньше, чем Hoechst 33342. Как и все красители его семейства, Hoechst 34580 менее токсичен, чем DAPI, что обеспечивает более высокую жизнеспособность окрашенных клеток. Hoechst 34580 широко используется во флуоресцентной микроскопии и проточной цитометрии для окрашивания хромосом и ядер в живых и фиксированных клетках. Краситель часто используется для различения конденсированных пикнотических ядер в апоптотических клетках и сортировки клеток. Флуоресценция Hoechst 34580 гасится бромдезоксиуридином (BrdU), обычно используемым для обнаружения делящихся клеток. Предполагается, что, когда BrdU интегрируется в ДНК, бром деформирует малую бороздку, не позволяя красителям Hoechst достичь оптимального места связывания. Это свойство Hoechst 34580 используется в исследованиях клеточного цикла. Обычно используемая концентрация красителя для окрашивания бактерий или клеток эукариот составляет 0,1–10 мкг/мл.

AF 594 — яркий водорастворимый краситель, нечувствительный к изменению pH в диапазоне от 4 до 10. Он испускает свет в красной области спектра и часто используется в проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии. Активированный эфир AF 594 применяется для мечения белков, пептидов или антител, а также любых молекул, содержащих -NH2 группу, к примеру амино-модифицированных олигонуклеотидов, приводя к образованию стабильных амидных связей между красителем и целевой молекулой. Реакция конъюгации лучше всего протекает при pH 7-9. Флуорофор AF 594 может использоваться для мечения белков в высоких молярных соотношениях краситель:белок. При этом у полученных конъюгатов с высокой степенью мечения (DOL) не наблюдается значительного тушения флуоресценции. Напротив, конъюгаты характеризуются более яркой флуоресценцией, что позволяет увеличить нижний предел обнаружения меченого продукта.

CM-DiI — оранжево-красный флуоресцентный карбоцианиновый краситель, содержащий тиол-реактивную хлорметильную (CM) функциональную группу. CM-DiI маркирует клеточные мембраны за счет встраивания двух длинных углеводородных цепей (углерод C18) в липидный бислой. Краситель слабо флуоресцирует до включения в мембраны. CM-DiI используется для мечения клеток и оценки их пролиферации in vivo и in vitro, а также для трекинга клеток и мониторинга их подвижности. Краситель переносится в дочерние клетки и не просачивается в соседние клетки популяции. Окрашивание CM-DiI показывает яркую флуоресценцию в течение не менее 72 часов (около трех-шести поколений клеток). Внутри клетки CM-DiI не проявляет цитотоксичности и минимально воздействует на пролиферативную способность или биологию клетки. В отличие от других мембранных красителей, CM-DiI обладает повышенной растворимостью в воде и может фиксироваться традиционными альдегидными фиксаторами. CM-DiI также сохраняется в клетках после их пермеабилизации. Все это позволяет сочетать мечение с помощью CM-DiI с другими гистологическими методами, такими как иммунохимия, оптическое просветление и т.д.

Готовый набор, содержащий все необходимые реагенты для мечения мембран клеток красителем PKH26 с целью последующей оценки клеточной миграции или пролиферации. В наборе используется цианиновый краситель PKH26. В его структуре есть липофильные группы, позволяющие быстро и нековалентно встраиваться в клеточные мембраны практически любых клеток, не влияя на клеточные рецепторы или трансмембранные белки. При этом клетки сохраняют свои биологические свойства и способность к пролиферации, что делает PKH26 отличным флуорофором для изучения как растительных, так и животных клеток in vivo и in vitro. Он также подходит для изучения мембранных везикул. PKH26 испускает свет в красной области спектра, с максимумом флуоресценции 567 нм, его можно использовать наряду с другими красителями в многоцветных исследованиях. PKH26 довольно стабилен, и меченные им клетки могут быть исследованы с использованием микроскопии или проточной цитометрии в течение 100 дней после окрашивания. Количество измерений, на которое рассчитан набор, может отличаться в зависимости от количества клеток в образце: Набор, содержащий 100 µL красителя PKH26, позволяет проанализировать 25 образцов по 20 миллионов клеток в каждом, при использовании финальной концентрации красителя PKH26 равной 2×10-6 M. Набор, содержащий 500 µL красителя PKH26, позволяет проанализировать 125 образцов по 20 миллионов клеток в каждом, при использовании финальной концентрации красителя PKH26 равной 2×10-6 M. Рекомендуется определить оптимальные количество клеток и концентрацию красителя исходя из типа (ов) клеток и экспериментальных задач.

AF 568 — синтетический флуорофор. Максимум возбуждения AF 568 соответствует 572 нм, максимум эмиссии — 598 нм. Краситель AF 568 может возбуждаться лазером с длиной волны 561 нм, его спектр находится в том же диапазоне, что и спектр техасского красного , TF4 (Tide Fluor™ 4) и sulfo-Cyanine3.5. Поскольку активированный эфир AF 568 обладает яркой и стабильной флуоресценцией и может быть конъюгирован с белками и пептидами, его можно использовать как средство визуализации, например, в вестерн-блоттинге, флуоресцентной микроскопии и проточной цитофлуориметрии.

DiI (DiIC18(3); 1,1’-диоктадецил-3,3,3’,3’-тетраметилиндокарбоцианин) — карбоцианиновый краситель, флуоресцирующий в оранжево-красной части спектра. DiI — широко используемый липофильный краситель, который маркирует клеточные мембраны за счет встраивания двух длинных углеводородных цепей (углерод C18) в липидный бислой. Краситель слабо флуоресцирует до включения в мембраны. DiI диффундирует латерально в плазматической мембране, постепенно окрашивая всю клетку, что позволяет использовать его в качестве антероградного и ретроградного трейсера нейронов. В интактной ткани краситель не переходит из меченых клеток в немеченые, однако такой перенос может происходить при разрушении мембран клеток, например, после секционирования образца. DiI часто используется совместно с другими трейсерами в двухцветных окрашиваниях, например, с DiA и DiO.

(5,6)-FITC, или FAM (5,6)-изотиоцианат представляет собой реакционноспособное производное флуоресцеина, взаимодействующее с нуклеофильными заместителями биомолекул (в т.ч. с гидроксильными, тиольными и аминогруппами). Соединение часто используется для мечения антител и других зондов, применяемых в различных методах на основе флуоресценции, таких как микроскопия, проточная цитометрия и иммунофлуоресцентный анализ (иммунохимия, Вестерн-блоттинг, ИФА).3524

Готовый набор, содержащий все необходимые реагенты для мечения мембран клеток красителем PKH2 с целью последующей оценки клеточной миграции или пролиферации. В наборе используется цианиновый краситель PKH2. В его структуре есть липофильные группы, позволяющие быстро и нековалентно встраиваться в клеточные мембраны практически любых клеток, не влияя на клеточные рецепторы или трансмембранные белки. При этом клетки сохраняют свои биологические свойства и способность к пролиферации, что делает PKH2 отличным флуорофором для изучения как растительных, так и животных клеток in vivo и in vitro. Он также подходит для изучения мембранных везикул. PKH2 испускает свет в зеленой области спектра, с максимумом флуоресценции 504 нм, его можно использовать наряду с другими красителями в многоцветных исследованиях. PKH2 менее стабилен, чем PKH26, и меченные им клетки могут быть исследованы с использованием микроскопии или проточной цитометрии в течение 10-11 дней после окрашивания. Количество измерений, на которое рассчитан набор, может отличаться в зависимости от количества клеток в образце: Набор, содержащий 100 µL красителя PKH2, позволяет проанализировать 25 образцов по 20 миллионов клеток в каждом, при использовании финальной концентрации красителя PKH2 равной 2×10-6 M. Набор, содержащий 500 µL красителя PKH2, позволяет проанализировать 125 образцов по 20 миллионов клеток в каждом, при использовании финальной концентрации красителя PKH2 равной 2×10-6 M. Рекомендуется определить оптимальные количество клеток и концентрацию красителя исходя из типа (ов) клеток и экспериментальных задач. LumiTrace PKH2, набор для мечения клеточных мембран, 14201.

TODi-1 (гомодимер Тиазолового Оранжевого, также известный как TOTO®-1) — димерный краситель на основе карбоцианина с флуоресценцией в зеленой части спектра. TODi-1 — непроникающий в живые клетки ядерный краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель значительно усиливает свою флуоресценцию при связывании с двуцепочечной ДНК. TODi-1 идеален для окрашивания нуклеиновых кислот на микрочипах, а также для контрастного окрашивания ядер и хромосом в экспериментах с многоцветным флуоресцентным мечением благодаря яркому сигналу и низкой фоновой флуоресценции. TODi-1 не цитотоксичен и может использоваться для долгосрочного мониторинга жизнеспособности клеток и обнаружения мертвых клеток в культуре.

TO-TAP-1 (мономер Тиазолового Оранжевого, также известный как TO-PRO®-1) — мономерный краситель на основе карбоцианина с флуоресценцией в зеленой части спектра. TO-TAP-1 — непроникающий в живые клетки ядерный краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель значительно усиливает свою флуоресценцию при связывании с двуцепочечной ДНК. TO-TAP-1 идеален для окрашивания нуклеиновых кислот на микрочипах, а также для контрастного окрашивания ядер и хромосом в экспериментах с многоцветным флуоресцентным мечением благодаря яркому сигналу и низкой фоновой флуоресценции. TO-TAP-1 не цитотоксичен и может использоваться для долгосрочного мониторинга жизнеспособности клеток и обнаружения мертвых клеток в культуре.

YO-TAP-1 (также известный как YO-PRO®-1) — мономерный краситель на основе карбоцианина с флуоресценцией в зеленой части спектра. YO-TAP-1 — непроникающий в живые клетки ядерный краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель многократно усиливает свою флуоресценцию при связывании с двуцепочечной ДНК. YO-TAP-1 обладает ярким сигналом и низкой фоновой флуоресценцией. Он используется для окрашивания нуклеиновых кислот на микрочипах, а также для контрастного окрашивания ядер и хромосом в микроскопии. YO-TAP-1 может использоваться для мониторинга жизнеспособности клеток и обнаружения апоптотических и мертвых клеток в культуре.

LUCS 13 — проникающий в клетки ядерный краситель, имеющий яркую зеленую флуоресценцию при связывании с нуклеиновыми кислотами. LUCS 13 является полным структурным аналогом SYTO®13. LUCS 13 используют для окрашивания РНК и ДНК как в живых, так и в мертвых эукариотических клетках, а также грамположительных и грамотрицательных бактерий. Краситель возбуждается при 488 нм, эмиссия регистрируется во флуоресцеиновом канале с пиком 509 нм после связывания с ДНК и 514 нм после связывания с РНК. Краситель может использоваться совместно с непроникающими в живые клетки ядерными маркерами, такими как YoDi-3, для оценки клеточной выживаемости методами флуоресцентной микроскопии и проточной цитометрии.

LumiTracker Mito Green FM — катионный зеленый флуоресцентный краситель, окрашивающий митохондрии в живых клетках. Краситель пассивно диффундирует через плазматическую мембрану и избирательно накапливается в активных митохондриях в зависимости от мембранного потенциала в них, поэтому часто используется для оценки состояния клеток, а также как краситель для локализации митохондрий. Флуоресценция LumiTracker Mito Green FM исчезает после фиксации альдегидами, поэтому данный краситель подходит только для работы с живыми клетками.

TO-TAP-3 (мономер Тиазолового Красного также известный как TO-PRO®-3) — мономерный краситель на основе карбоцианина с флуоресценцией в дальней красной части спектра. TO-TAP-3 — непроникающий в живые клетки ядерный краситель, который не флуоресцирует в отсутствие нуклеиновых кислот. Краситель многократно усиливает свою флуоресценцию при связывании с двуцепочечной ДНК. TO-TAP-3 обладает ярким сигналом и низкой фоновой флуоресценцией. Он используется для окрашивания нуклеиновых кислот на микрочипах, а также для контрастного окрашивания ядер и хромосом в микроскопии. TO-TAP-3 может использоваться для мониторинга жизнеспособности клеток и обнаружения мертвых клеток в культуре. Длинноволновая флуоресценция TO-TAP-3 сильно отстоит от зеленого и красного каналов, что делает этот краситель идеальным для экспериментов с многоцветным флуоресцентным мечением.