sulfo-Cyanine3.5 — флуорофор цианинового ряда c флуоресценцией в красно-оранжевой области спектра. Спектры поглощения и эмиссии данного красителя находятся между спектрами красителей Cyanine3 и Cyanine5. Как и другие цианины, sulfo-Cyanine3.5 обладает высоким коэффициентом экстинкции. При этом, имеющиеся в составе красителя четыре сульфогруппы обеспечивают ему гидрофильность и хорошую растворимость в воде.
Данный краситель содержит аминогруппу, отделенную от ядра флуорофора длинным линкером, что облегчает его конъюгацию. Алифатическая первичная аминогруппа вступает в реакции сочетания с различными электрофилами (активированными эфирами, эпоксидами и др.). Краситель также может использоваться в мечении посредством катализируемого ферментами трансаминирования.