Данное соединение является гидразидным производным красителя AF 488. Гидразиды эффективно взаимодействуют с альдегидами и кетонами с образованием гидразонов, поэтому данное соединение хорошо подходит для коньюгации с карбонильными производными биомолекул.
Реакция проходит в водных условиях, что важно при работе с антителами и многими другими белками. Цис-диольные группы в сахарах в структуре гликозилированных белков и антител можно окислить в диальдегиды, а цистеин в белках можно ферментативно превратить в формилглицин — реакционноспособные группы для конъюгации с гидразидами. Карбоксильные группы аспарагиновой и глутаминовой кислот в белках и пептидах также могут быть конъюгированы с гидразидами в присутствии активирующих агентов: производных карбодиимида (EDAC) или метилморфолина (DMTMM).
AF 488 — яркий и фотостабильный краситель. Благодаря своей гидрофильности, он хорошо подходит для мечения чувствительных белков и антител. Он предназначен для различных применений, включая микроскопию.
AF 488 представляет собой сульфированный родаминовый краситель — родамин 110 (R110). Как и другие родамины, AF 488 представлен двумя изомерами, 5- и 6-. Они обладают практически идентичными фотофизическими свойствами. Изомеры требуют разделения, использование смеси изомеров может вести к «двоению» пиков меченых продуктов при ВЭЖХ и электрофоретическом разделении. Данный продукт содержит изомерно чистый 5-AF 488.