AF 568 алкин применяется для получения флуоресцентно меченных биомолекул. Для регистрации сигнала рекомендуется использовать канал техасского красного. AF 568 алкин растворим в воде и нечувствителен к изменениям pH в диапазоне от pH 4 до pH 10. В результате реакций, условия которых позволяют сохранить нативность биомолекул, образуются стабильные конъюгаты биомолекулы и флуорофора.
Флуоресцентные биоконъюгаты с AF 568 алкином используются в флуоресцентной микроскопии и проточной цитофлуориметрии, а также в других областях, где предъявляются высокие требования к яркости флуорофора и его устойчивости к выгоранию.